این باشگاه قبلا تحت نام استقلال شهرداری رشت زیر نظر شهرداری رشت اداره می شد که پس از خریداری توسط صنایع شیر ایران در سال 1380 به پگاه تغییر نام داد. این تیم در لیگ 81-82 بازی در لیگ ایران را آغاز نمود ولی دو سال بعد در پی نتایج ضعیف به لیگ آزادگان سقوط کرد و سال بعد هم نتوانست به لیگ برتر صعود کند اما در فصل ۸۵-۸۶ با پیروزی بر تیم فوتبال شهرداری بندرعباس در بازی پلی‌آف، به مسابقات لیگ برتر فوتبال ایران راه یافت. این تیم در فصل 86-85 با مربیگری مجید جهانپور بسیار موفق عمل کرد و توانست برای بار دوم توسط همین مربی به لیگ برتر صعود کند.

تیم فوتبال  پگاه گیلان که در نیم فصل آغازین لیگ برتر سال 87-86 با کسب نتایجی ضعیف در شرف سقوط از لیگ برتر به سر میبرد توانست با درایت مربی جدید خود "نادر دست نشان" خود را از منطقه خطر دور نموده و موقعیت خود را تا حد قابل توجهی ارتقا دهد.

بزرگترین افتخاری که تیم پگاه گیلان تا بحال به آن دست یافته است حضور در فینال جام حذفی فوتبال ایران می باشد که در خردادماه 87 برگزار می شود. این دیدار فینال مابین پگاه گیلان و استقلال تهران طی دو بازی و به صورت رفت و برگشت در تهران و رشت انجام می گردد.

تیم فوتبال پگاه توانست در سایه مربی کاردان خود "نادر دست نشان" تیمهای بزرگ فوتبال کشور نظیر پرسپولیس, استقلال, سپاهان اصفهان, سایپا و صباباطری تهران را شکست دهد و خود را بعنوان تیم مدعی قهرمانی در فوتبال حذفی کشور مطرح نماید.

پگاه برای نخستین بار است که تا این مرحله از مسابقات فوتبال جام حذفی باشگاه‌های کشور پیش آمده‌است و همین مسئله انگیزه بازیکنان پگاه را دوچندان کرده است تا با تمام وجود در دیدار نهایی برای فتح جام حذفی تلاش کنند.